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長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序分析新工具EasyAmplicon 2.0重磅發(fā)布
2025年11月06日 15:42:11
來(lái)源：化工儀器網(wǎng) 點(diǎn)擊量：4163
中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所(嶺南現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科學(xué)與技術(shù)廣東省實(shí)驗(yàn)室深圳分中心)劉永鑫研究團(tuán)隊(duì)推出全新開(kāi)源工具EasyAmplicon第2版，為微生物生態(tài)學(xué)、臨床微生物學(xué)等領(lǐng)域的全長(zhǎng)擴(kuò)增子研究提供了新解決方案。
10月27日，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所(嶺南現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科學(xué)與技術(shù)廣東省實(shí)驗(yàn)室深圳分中心)劉永鑫研究團(tuán)隊(duì)推出全新開(kāi)源工具EasyAmplicon第2版，新版本在保留短讀擴(kuò)增子分析功能基礎(chǔ)上，全面支持第三代全長(zhǎng)擴(kuò)增子測(cè)序數(shù)據(jù)分析，并優(yōu)化了可視化功能，為微生物分類和定量研究提供更簡(jiǎn)單、易用的分析環(huán)境。
擴(kuò)增子測(cè)序是一種專門用于表征生物體內(nèi)特定基因組區(qū)域的測(cè)序方法。與全基因組測(cè)序不同，擴(kuò)增子測(cè)序采用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)技術(shù)，有選擇性地?cái)U(kuò)增感興趣的基因區(qū)域并進(jìn)行測(cè)序。通過(guò)PCR，目標(biāo)DNA區(qū)域得以放大，生成多個(gè)目標(biāo)DNA的拷貝，即所謂的“擴(kuò)增子”。
通過(guò)擴(kuò)增子測(cè)序，研究人員能夠更好地理解微生物的多樣性及其在生態(tài)系統(tǒng)中的作用，為相關(guān)領(lǐng)域的研究提供重要的技術(shù)支持，尤其是在微生物生態(tài)學(xué)、醫(yī)學(xué)和農(nóng)業(yè)研究。
傳統(tǒng)短讀測(cè)序平臺(tái)(如 Illumina)雖可靠，但通常僅覆蓋標(biāo)記基因的部分區(qū)域，限制了物種分類精度和系統(tǒng)發(fā)育分析。隨著 PacBio 和 Oxford Nanopore Technologies 等長(zhǎng)讀測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，研究者可獲得全長(zhǎng)擴(kuò)增子序列，如約 1.5 kb 的細(xì)菌 16S rRNA 基因，從而顯著提升分類分辨率，實(shí)現(xiàn)更精確的系統(tǒng)發(fā)育重建及功能解析。盡管早期長(zhǎng)讀測(cè)序存在較高錯(cuò)誤率，但技術(shù)進(jìn)步已將準(zhǔn)確率提高至 97% 以上，為全長(zhǎng)擴(kuò)增子研究的廣泛應(yīng)用奠定了基礎(chǔ)。
然而，全長(zhǎng)擴(kuò)增子數(shù)據(jù)的分析缺乏標(biāo)準(zhǔn)化分析流程。為此，研究團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了適用于全長(zhǎng)微生物組擴(kuò)增子測(cè)序的分析流程，EasyAmplicon 2.0可實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化分析，涵蓋質(zhì)控、去噪、分類注釋等步驟，支持SILVA、GTDB等主流數(shù)據(jù)庫(kù)，并可生成30余種可視化圖表。測(cè)試顯示，在雙核處理器環(huán)境下，其2小時(shí)內(nèi)即可完成2萬(wàn)條讀長(zhǎng)的樣本分析，適用于從探索性研究到大規(guī)模隊(duì)列的全流程需求，為微生物生態(tài)學(xué)、臨床微生物學(xué)及農(nóng)業(yè)科學(xué)等領(lǐng)域的全長(zhǎng)擴(kuò)增子研究提供了高效、用戶友好的解決方案。
相關(guān)研究成果以“EasyAmplicon 2: Expanding PacBio and Nanopore Long Amplicon Sequencing Analysis Pipeline for Microbiome”為題，發(fā)表在《先進(jìn)科學(xué)(Advanced Science)》上。
素材來(lái)源：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所
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