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【Vi-CELL視野】Vi-CELL XR細胞識別參數(shù)新建和優(yōu)化操作指南
Vi-CELL XR細胞計數(shù)儀的分析軟件中自帶六種細胞類型（Cell Type），分別是CHO、Hybridoma、SF-9、SF-21、Vero和Yeast（如下圖所示）。
如果我們使用Vi-CELL XR細胞計數(shù)儀時，需要檢測一種新的細胞，該如何創(chuàng)建合適的Cell Type參數(shù)呢？針對這個問題，我們編寫了這個Cell Type識別參數(shù)新建和優(yōu)化的操作指南。
從分析軟件界面File→Cell Types→Add進入Cell Type新建界面（如下所示），譬如Cell Type命名為“Demo Cell Type"。
注意：
若是Vi-CELL XR測試過的舊項目或轉(zhuǎn)移項目，按以前使用的Cell Type參數(shù)直接在General和Image Analysis窗口輸入相應的數(shù)值即可。
若是新的項目使用Vi-CELL XR未檢測過的細胞，則可以從軟件已有的六種細胞類型（Cell Type）中挑選一個大小、形態(tài)和團聚都接近待測細胞的Cell Type來參考設(shè)置識別參數(shù)。
務必在輸入樣品檢測信息“Log in sample"界面中選上“Save Images"（如下照片中紅色箭頭所示）。
若發(fā)現(xiàn)檢測結(jié)果Total下面的活細胞密度“Viable cells/ml"、活率“Viability"和平均直徑“Avg. diam (microns) "不正常，或者檢查拍攝的細胞照片中有不少未識別到的細胞，或者照片中有死/活細胞的錯誤識別，此時就需要對Cell Type的識別參數(shù)進行優(yōu)化。
第一步：
檢查測試完的50張細胞照片中有無沒被軟件識別標記的細胞（死細胞標記為紅色、活細胞標記為綠色），若有較小或較大的細胞未被識別，通過設(shè)置合適的Minimum Diameter和Maximum Diameter，將未識別到的小細胞和大細胞標記為死/活細胞?？梢栽O(shè)定所需細胞的直徑范圍，若照片中有顆粒超出該范圍，則被認為不是細胞。
第二步：
通過Minimum Diameter和Maximum Diameter調(diào)整后還有未識別的細胞，此時就需要對細胞識別參數(shù)Cell Brightness、Cell Sharpness、Minimum circularity和Decluster degree進行優(yōu)化。具體操作如下所示：
Cell brightness（細胞亮度）：指細胞邊界亮度，用于區(qū)分細胞像素和背景像素，一般默認設(shè)置為85。
Cell Sharpness（細胞清晰度）：考察細胞邊緣厚度和模糊程度的參數(shù)，一般默認設(shè)置為100。
Minimum circularity（最小圓度）：用于限定細胞的圓度下限，從而消除細胞碎片的影響，該參數(shù)只影響標記的死細胞。當設(shè)置1時，要求細胞是的圓，一般默認設(shè)置是0.5。
Decluster degree（去團聚度）：根據(jù)團聚細胞中的平均細胞數(shù)量來選擇團聚度，若沒有團聚可以選擇None；若存在少量明顯的細胞團聚，譬如2-3個細胞的團聚選擇Low；照片中出現(xiàn)許多團聚細胞時選擇Medium，針對酵母細胞選擇High。
團聚度級別從None到High以此逐級提高，默認是Medium。None（無）→Low（低）→Medium（中）→High（高），設(shè)置越靠后，統(tǒng)計分析得到的細胞數(shù)越多。
第三步：
死/活細胞標記錯誤時，需要對參數(shù)Viable Spot Brightness或Viable Spot Area優(yōu)化。
Viable Spot Brightness（活細胞斑點亮度）：是查看細胞中心的亮度，以確定細胞是活細胞還是死細胞，細胞中心越亮越白，會判定為活細胞，反之則為死細胞。細胞中心亮度高于該數(shù)值的被記為活細胞，反之是死細胞。該數(shù)值常見設(shè)置范圍是70-90。
Viable spot area（活細胞斑點面積）：該參數(shù)是活細胞亮斑面積占細胞總面積的百分比，超過該數(shù)值的細胞被識別為活細胞。
對于低濃度細胞樣品，拍攝的照片數(shù)量Images改為100張，以提高統(tǒng)計分析結(jié)果的可靠性。對于剪切力比較敏感的細胞，建議Aspiration和Trypan blue mixing cycles設(shè)置小一些，可以分別設(shè)為1和2。對于需要更長時間染色的細胞，可以將Trypan blue mixing cycles設(shè)置更大一些。
分析結(jié)果達到預期時保存這個優(yōu)化后的Cell Type，然后使用這個新建的Cell Type多檢測幾組細胞樣品，從而驗證這些參數(shù)設(shè)置是合適的。因為Vi-CELL XR檢測分析的細胞一般有成千上萬個，所以偶爾有幾個細胞沒有被識別到，關(guān)系不是很大。